L'histoire débute lorsqu'une licorne découvre qu'elle est la dernière de son espèce. Elle quitte alors sa forêt enchantée pour partir à la recherche des licornes qui ont disparu.
Pendant son sommeil, elle se fera capturer par La Mère LaFortune qui dirige un cirque de monstre. Elle sera libérée par le sorcier, Schmendrick qui partira avec elle à la recherche des licornes. En chemin, ils rencontrent Molly Grue, une servante.
Tous trois se rendent au château du roi Haggard : ils pensent en effet qu'il retient les licornes captives avec l'aide d'un taureau rouge flamboyant. Mais celui-ci les surprend. L'animal est sur le point de capturer la
dernière licorne quand Schmendrick la transforme, malgré lui, en une jeune fille à laquelle il donne le nom de Lady Amalthea. Le taureau, trompé par les apparences, ne voyant plus de licorne, se retire.
Les trois compagnons ayant atteint le château du roi Haggard et de son fils, le prince Lir, ils réussissent à les convaincre de les laisser travailler pour eux afin de pouvoir explorer les lieux. Mais dans son nouveau corps, la dernière licorne perd peu à peu la mémoire. Schmendrick et Molly doivent trouver les licornes et rendre sa forme originelle à leur amie avant qu'il ne soit trop tard.